Melansir dari Kemenlu RI, hubungan Indonesia dengan NPM telah terjalin sejak tahun 1973, dua tahun sebelum negara itu memperoleh kemerdekaan dari Australia pada 16 September 1975. Melalui proses tersebut, hubungan bilateral antara Indonesia dan Papua Nugini Merdeka telah menunjukkan perkembangan positif.

Dukungan pemerintah NPM terhadap Indonesia terlihat dari sikap tegasnya terhadap kelompok separatis Papua yang dapat merugikan kepentingan Indonesia. Pemerintah NPM secara konsisten melarang kegiatan-kegiatan yang berpotensi mengganggu stabilitas di wilayah perbatasan. Bahkan, aparat keamanan NPM secara rutin menindak keras setiap upaya pengibaran bendera Bintang Kejora oleh kelompok-kelompok yang dianggap separatis.

Hubungan bilateral antara Indonesia dan Papua Nugini Merdeka tidak hanya terbatas pada aspek keamanan dan politik. Kunjungan antara pejabat pemerintah dari kedua negara, baik pemerintah maupun non-pemerintah, meningkat secara signifikan. Interaksi ini mencakup berbagai bidang, seperti ekonomi, sosial budaya, pertahanan, keamanan, dan pendidikan.

Peningkatan saling kunjung ini menjadi indikator kuat bahwa hubungan Indonesia dengan negara Papua Nugini Merdeka terus berkembang ke arah yang lebih baik. Pada 2009, Perdana Menteri Papua Nugini Merdeka, Michael Somare, bahkan mengunjungi Indonesia untuk menghadiri Coral Triangle Initiative di Manado.

Selain itu, hubungan Indonesia dengan negara Papua Nugini Merdeka juga terjalin melalui kerja sama perbatasan. Setiap tahun, kedua negara mengadakan berbagai forum untuk membahas isu-isu perbatasan, termasuk Border Liaison Officer Meeting (BLOM), Border Liaison Meeting (BLM), Joint Border Committee (JBC), dan Joint Ministerial Committee (JMC).

Dalam pertemuan ini, pemerintah kedua negara membahas beragam topik, mulai dari keamanan perbatasan hingga pembangunan infrastruktur, seperti pos lintas batas dan dermaga penyebrangan. Dalam pertemuan BLM ke-6 di Port Moresby pada 2008, pemerintah kedua negara membicarakan rencana pembangunan pos lintas batas di Sungai Fly dan pembukaan pos baru di Skow-Wutung.

Selain keamanan dan pembangunan perbatasan, hubungan Indonesia dengan negara Papua Nugini Merdeka juga meliputi kerja sama di bidang lingkungan dan kelautan. Pada tahun 2009, delegasi Papua Nugini Merdeka menghadiri World Ocean Conference di Bali, dan Menteri Kelautan dan Perikanan Indonesia mengunjungi Papua Nugini Merdeka dalam rangka Coral Triangle Initiative. Kerja sama ini menunjukkan bahwa kedua negara memiliki kepentingan bersama dalam menjaga kelestarian lingkungan dan sumber daya kelautan.